針對高階放射性核廢料最終處置問題，行政院長江宜樺於3月26日立法院會備詢時指出，「經濟部透過專業鑑定，台灣是有若干地方，也就是地下岩層可以做為儲放核廢料的穩定岩層」，對此，民進黨立委蕭美琴今(1)日在經濟委員會質詢經濟部長張家祝時質疑，究竟是經濟部哪個單位提出的專業鑑定，又是哪裡的穩定岩層可以放置高放射性燃料棒的核廢料？至於江院長所謂的溝通不夠，有若干居民抗拒，又是指哪個地方？甚至原能會主委蔡春鴻昨天也提到台灣有合適地層，例如花蓮縣秀林鄉，但相關研究被阻礙。對此，經濟部證實目前確實只針對花蓮縣秀林鄉作岩層探勘。蕭美琴為此除表達強烈不滿與嚴正抗議，也痛批江院長是在欺騙台灣人民。 蕭美琴另依據原能會網站公布之「用過核子燃料最終處置計畫：潛在處置母岩特性調查與評估階段－102年度工作計畫」，她痛批經濟部，花蓮縣民已強力反對秀林鄉不合適，但整份工作計畫還是鎖定花蓮縣秀林鄉的岩層，經濟部顯然沒有任何替代方案，令人遺憾。對此，她要求經濟部先排除秀林鄉這個選項，台電不必考慮花蓮縣任何的岩層地帶，也不必再編列任何相關預算。 這起事件主要是台電公司未事先與地方溝通，逕行在秀林鄉和平村鑽井探勘地質，擬作為核廢料最終處置場，蕭美琴掌握相關事證並於2012年4月12日召開記者會，4月16日也在教育及文化委員會持續關切我國用過核子燃料最終處置爭議，並再度依據原能會核備之台灣電力公司『用過核子燃料最終處置計畫』，分別質詢行政院原子能委員會主任委員蔡春鴻及台灣電力公司總經理李漢申，對於兩個單位辯稱鑽探「只是地質研究」、「與選址無關」的說法，蕭美琴當時痛批台電睜眼說瞎話、再次欺騙秀林鄉原住民！4月19日秀林鄉長許淑銀率領鄉民向台電抗議，蕭美琴也到場聲援。最後，台電總經理李漢申則是在4月27日至秀林鄉親自向居民道歉，並進行灌漿封閉鑽探井口、豎立石碑作業。
